Publication d’une étude réalisée par l’Agence sur la première vague de Covid-19 dans la revue “Journal of infection and public health”

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L’Agence vient de faire publier un article “Superspreading events of SARS-CoV-2 in Paris: A retrospective analysis of data from the first wave of COVID-19 in 2020” dans la revue “Journal of infection and public health” revenant sur la gestion de la crise Covid-19 et visant à fournir des socles de connaissances pour améliorer le traitement des phénomènes épidémiques.

Alexis Ardoin, médecin de veille et sécurité sanitaire à l'Agence, en charge du suivi de cette étude avec Antoine Deslandes pour les équipes régionales de Santé publique France, revient sur le travail mené autour de cet article.

Question 1 : Votre article vient d’être publié au Journal of infection and public health. Sur quoi porte-t-il ?

Il porte sur les évènements super propagateurs dans le cadre de la pandémie de la Covid-19 (superspreading event = SSE). Ce sont des événements qui contaminent beaucoup de personnes en une seule fois et qui participent à accélérer une vague épidémique. Nous connaissons assez mal la dynamique de ces clusters particuliers de grande envergure, et l’influence qu'ils ont sur une vague épidémique. Du peu d’études qui ont été publiées, les SSE qui représentent au final 20% des clusters généreraient 80% des cas de Covid-19.
Ils sont souvent décrits en début d’épidémie. Pour la France, les clusters de Metz ou des Contamines ont été fortement médiatisés et ont eu une forte empreinte dans la diffusion du virus. Plutôt que nous focaliser sur quelques évènements médiatisés, nous avons décidé de mener une étude sous l’angle global de la santé publique, pour mieux connaître ces clusters et améliorer nos pratiques.

Question 2 : Comment avez-vous travaillé pour produire cette étude ?

Nous avons travaillé à partir des données d’activité du contact tracing de niveau 3 (CT3), qui a été confié aux ARS durant la crise. Les Agences ont assuré le suivi des chaînes de contact au sein des établissements et collectivités dites sensibles, en parallèle de la gestion  par l’Assurance maladie (AM) de la chaîne des cas individuels et des contacts à risques chez les usagers. Ce CT3 a pour mission de s’assurer que toutes les mesures institutionnelles sont mises en place dans ces établissements et collectivités (isolement, organisation des dépistages, etc.) et le cas échéant aide à les organiser. Nous avons analysé les données entre mai et décembre 2020, ce qui représente 15 706 signaux gérés par les équipes ARS qui correspondent à 38 670 cas de Covid-19 pour l’Île-de-France. Nous avons essayé de savoir quand survenaient ces SSE dans une vague et si leur proportion variait en fonction des types de collectivité.

Question 3 : Quelles sont les principales observations que vous formulez ?

Les SSE ont une place particulière dans la dynamique épidémique. En étant très présents au départ d’une vague, ce sont eux qui sont en capacité de donner de gros coups d’accélérateur lors de leur déclenchement. Ensuite, ils sont toujours présents et gardent leur importance, mais la dynamique exponentielle de l’épidémie est lancée, et la part de la transmission au domicile prend le plus d’importance.

Cela nous renseigne aussi sur la dimension des chaînes de transmission dans les différentes collectivités dites sensibles. Certaines sont nombreuses et "courtes" alors que pour d'autres, elles sont plutôt en faible nombre. Cependant dans chacun des cas de cluster observé par nos équipes, les effets étaient massifs. 

Cet article permet aussi de montrer l’importance des mesures de prévention notamment portées par les opérateurs en charge du contact tracing pour limiter l’impact des SSE. C’est le travail auquel se sont consacrées les équipes de veille et sécurité sanitaire de l’ARS depuis presque deux ans. C’est une armée de l'ombre de la santé publique qui a su s'adapter à la crise.

Question 4 : En quoi cette étude permet pour des institutions comme les nôtres d’améliorer leurs pratiques notamment en cas de prochaine vague épidémique ?

Le premier enseignement est que l’identification des SSE est un enjeu de santé publique majeur pour ralentir une future vague épidémique. Pour nous, Agence, cela implique qu’il faudra mettre toute la palette des moyens à disposition en place (tester – alerter – protéger) dès les prémices des prochains phénomènes épidémiques. Il faut les initier très vite et en quantité pour les circonscrire au plus vite avant que la transmission soit incontrôlable.

Notre expérience issue de la gestion de la crise et du suivi des SSE a démontré qu’il est nécessaire de moduler les mesures de gestion en fonction des collectivités où se situe un cluster. Pour certaines, il faudra privilégier le dépistage massif et la quarantaine pour un ensemble large de contacts. Dans d’autres, l’application des mesures barrières et des dépistages à large échelle suffiront, comme ce qui a été fait dans les écoles.

Question 5 : Et maintenant ?

Nous continuons cette démarche d’amélioration. Nous avons déjà commencé à analyser les données de la 3ème et 4ème vague, et ce qui ressort déjà c’est l’effet majeur de la vaccination, malgré l’apparition des différents variants. Les SSE sont toujours présents et très intéressants à prioriser, mais la vaccination semble avoir un effet massif sur le nombre et le nombre de cas dans les SSE, notamment à partir du mois de juillet. Cela est cohérent avec l’efficacité des différents vaccins et plaide pour continuer à augmenter la couverture vaccinale.

Pour retrouver l’article publié par l’Agence (nouvelle fenêtre - Sciencedirect.com)